뇌간의 한 부분인 연수는 뇌를 척수와 이어준다. 연수에는 9번, 10번, 11번, 12번 뇌신경이 생긴다.
뇌막은 전 뇌와 척수를 둘러싸고 있는 세 개의 얇은 막이다. 그 세층은 경질막 거미막 연질막이다. 척수액은 거미막과 연질막 사이로 흐른고 이 공간을 거미막하라고 한다.
중뇌는 뇌교와 대내반구 사이에 있는 뇌간의 작은 부분이다. 중뇌의 맨 윗부분을 중뇌개(tectum)이라 부른다. 3번과 4번 뇌신경이 중뇌에서 기시한다.
시각교차는 두개의 시신경이 반대편으로 각각 교차하며 가위자(X shape)를 그리는 시상하부의 아랫부분에 위치한다.
송과체는 뇌량의 아래에 놓여있다. 송과체에서는 멜라토닌이라는 호르몬이 만들어진다. 이 호르몬은 몸의 생체리듬을 조절하는 것으로 알려져 있다.
뇌하수체는 시상하부와 붙어 있어서 시상하부로부터 정보를 받아들인다. 뇌하수체는 전엽과 후엽으로 구성된다. 프로락틴(prolactin), 부신피질자극호르몬(corticotrophin), 성장호르몬을 포함하는 몇몇의 호르몬들이 뇌하수체에서 만들어진다.
뇌간의 한 부분인 뇌교는 5번, 6번, 7번, 8번 뇌신경의 기시부를 포함하고 있다.